En el jardín de la Expedición Botánica se inició su construcción el 24 de mayo de 1802, con los diseños y dirección del reconocido arquitecto de la comunidad capuchina Fray Domingo de Petrés, la obra se concluyó el 20 de agosto de 1803.
El observatorio primero en su género en América Latina, impulsado por José Celestino Mutis como consolidación de los estudios realizados durante la Expedición Botánica adelantada en el Nuevo Reino de Granada y una vez inaugurado, se destinó al encuentro de científicos y pensadores para impulsar el desarrollo científico e intelectual de los territorios coloniales.
Por su parte, el arquitecto Fray Domingo de Petrés, cuya formación académica le permitió conocer los distintos estilos arquitectónicos como el romántico, el gótico, el renacentista, el barroco y el moderno neoclásico, diseña el Observatorio Astronómico Nacional rompiendo con el concepto colonial de la época y crea una estructura que simboliza, según los entendidos, la llegada del pensamiento y la ciencia al Nuevo Reino de Granada.
La descripción que dan varias publicaciones sobre esta estructura se sintetiza en este escrito publicado en la página www.bogotaturismo.gov.co/ "su figura es la de una torre octágona de 13 pies de rey de lado y 56 de altura. Un ático fingido corona todo el edificio, y sirve al mismo tiempo de antepecho. Un agujero en la segunda bóveda da paso a un rayo de luz que va a pintar la imagen del sol sobre el pavimento del salón en el que se ha tirado una línea meridiana, y forma un gnómon de 37 pies y 7 pulgadas de elevación.
La bóveda superior es hemisférica, perforada en el centro y sostiene el último piso al descubierto. En el lado del octágono que mira al suroeste está la escalera en espiral, que da ascenso a la sala principal, y a la azotea superior".
Inicio de Actividades
Francisco José de Caldas fue su primer director y realizó a partir de 1805 las observaciones astronómicas y meteorológicas. Pero los sucesos independentistas obligan a Caldas, en alguna medida, a suspender los trabajos científicos y encarga a Benedicto Domínguez y en 1814 se suspenden todas sus actividades científicas.
También en esos años, el Observatorio Astronómico sirvió de sede para las reuniones secretas de quienes divulgaban las ideas libertadoras y ‘revolucionarias´', a las que asistían entre otros, el canónigo Andrés Rosillo, tildado de conspirador y encarcelado en 1810, y los jóvenes criollos Antonio Nariño, José Acebedo y Gómez, Antonio Baraya, entre otros.
Así, durante este período el Observatorio Astronómico trabaja por períodos cortos, debido a los constantes cierres. En 1848 es designado como parte del Colegio Militar para la formación de ingenieros civiles y militares. Más adelante en 1867 con la organización de la Universidad Nacional de Colombia, el Observatorio es adscrito a esta institución educativa y en sus instalaciones se dictan clases de Meteorología, Astronomía, Paleontología y Geología.
Los estudios, análisis y gráficas resultado de la Expedición Botánica que fueran conservados por Mutis en el Nuevo Reino de Granada, como legado a sus discípulos para que pudieran enseñar, divulgar y continuar el trabajo científico iniciado con la Expedición, fueron finalmente enviados a España en 1817 por el general Morillo.
La casi totalidad de los documentos incautados a los miembros de la expedición botánica, entre ellos la gran obra iconográfica, al llegar a Madrid fueron inventariados y destinados al Real Jardín Botánico, donde aún se conservan y un pequeño porcentaje de esta colección a partir de 1889 es trasladado a la Real Academia de Historia en Madrid, España.
A principios del siglo XX, se destacan las observaciones sobre las estrellas fugaces, el cálculo de probabilidades, la óptica matemática y los movimientos de la Luna, realizados en el Observatorio.
A partir de 1920 y casi durante diez años, el Observatorio se paraliza, debido al enfrentamiento de la Sociedad Colombiana de Ingenieros con el gobierno, quien desconoce los avances de los profesionales colombianos y trae extranjeros para el manejo del Observatorio.
En 1930 se incorpora definitivamente a la universidad Nacional, quien en 1952 construye en sus instalaciones de la Ciudad Universitaria un nuevo Observatorio con mayor capacidad y modernos telescopios.
Hoy en día el Observatorio Astronómico construido entre 1802 y 1803 por Petrés y dirigido por Mutis, forma parte del complejo de edificios de la Presidencia de la República.